Ο ΠΑΟΚ Κομοτηνής είναι ο μοναδικός ποδοσφαιρικός σύλλογος στη Ροδόπη που διαθέτει τρεις ενεργές ομάδες· στην Α΄ κατηγορία της ΕΠΣ Θράκης, στη Β΄ κατηγορία της ΕΠΣ Θράκης· και γυναικεία ομάδα στη Γ΄ εθνική κατηγορία!
Και στις τρεις ομάδες αγωνίζονται ποδοσφαιριστές και ποδοσφαιρίστριες νέοι σε ηλικία, προερχόμενοι στην πλειονότητά τους από τα τμήματα υποδομής του συλλόγου, έχοντας διδαχθεί την ποδοσφαιρική παιδεία και το αθλητικό ήθος από την εκπαιδευτική διαδικασία της κορυφαίας βάσει αποτελεσμάτων, ασπρόμαυρης ακαδημίας.
Η νεοσύστατη γυναικεία ομάδα του ΠΑΟΚ Κομοτηνής απαρτίζεται από είκοσι ποδοσφαιρίστριες με μέσο όρο ηλικίας τα 15,6 έτη και αποτελεί μια ομάδα-κόσμημα για την ακαδημία, αγωνιζόμενη στο πρωτάθλημα της Γ΄ εθνικής κατηγορίας γυναικών.
Η ανδρική ομάδα του ΠΑΟΚ Κομοτηνής απαρτίζεται από είκοσι έναν ποδοσφαιριστές με μέσο όρο ηλικίας τα 18,6 έτη και αγωνίζεται στην Α΄ κατηγορία της ΕΠΣ Θράκης καταγράφοντας άκρως θετική πορεία τις πρώτες οκτώ αγωνιστικές του πρωταθλήματος με έξι νίκες και δύο ισοπαλίες, όντας στη 2η θέση της βαθμολογίας, έναν μόνο βαθμό πίσω από τους πρωτοπόρους Μέγα Αλέξανδρο Ιάσμου και Δύναμη Αμαράντων.
Η ομάδα Β΄ του συλλόγου απαρτίζεται από είκοσι έναν ποδοσφαιριστές με τον χαμηλότερο μέσο όρο ηλικίας στα τοπικά πρωταθλήματα της ΕΠΣ Θράκης- 14,6 έτη! Όλοι οι παίκτες προέρχονται εξ ολοκλήρου από τα τμήματα υποδομής της ακαδημίας και η ομάδα εντυπωσιάζει στο ξεκίνημα του πρωταθλήματος της Β΄ ΕΠΣ Θράκης με δύο νίκες και μία ήττα στις πρώτες τέσσερις αγωνιστικές (έχει κάνει και το ρεπό της).
