Ο ΠΑΟΚ Κομοτηνής είναι ο μοναδικός ποδοσφαιρικός σύλλογος στη Ροδόπη που διαθέτει τρεις ενεργές ομάδες· στην Α΄ κατηγορία της ΕΠΣ Θράκης, στη Β΄ κατηγορία της ΕΠΣ Θράκης· και γυναικεία ομάδα στη Γ΄ εθνική κατηγορία!
Και στις τρεις ομάδες αγωνίζονται ποδοσφαιριστές και ποδοσφαιρίστριες νέοι σε ηλικία, προερχόμενοι στην πλειονότητά τους από τα τμήματα υποδομής του συλλόγου, έχοντας διδαχθεί την ποδοσφαιρική παιδεία και το αθλητικό ήθος από την εκπαιδευτική διαδικασία της κορυφαίας βάσει αποτελεσμάτων, ασπρόμαυρης ακαδημίας.